不宜和青瓜同食。青瓜含有一种维生素C分解酶，会破坏其他蔬菜中的维生素C，番茄富含维生素C，如果二者一起食用，会达不到补充营养的效果。
服用肝素、双香豆素等抗凝血药物时不宜食。番茄含维生素K较多，维生素K主要催化肝中凝血酶原以及凝血活素的合成。维生素K不足时，会使凝血时间延长造成皮下和肌肉出血。
空腹时不宜食用。番茄含有大量可溶性收敛剂等成分，与胃酸发生反应，凝结成不溶解的块状物，容易引起胃肠胀满、疼痛等不适症状。
不宜食用未成熟的番茄。青番茄含有生物碱甙（龙葵碱），食用后轻则口腔感到苦涩，重时还会有中毒现象。
不宜长久加热烹制后食用。长久加热烹制后会失去原有的营养与味道。
服用新斯的明或加兰他敏时禁食。
