人们有些时候会觉得火腿肠十分不干净。认为吃多了火腿肠对身体有着比较大的伤害。其实，火腿肠并没有想象中的那么不干净。火腿肠一般都是使用肉加调料做成，对于一些比较正规的厂商，火腿肠总体来说还是比较干净的。但是对于制作环境恶劣的厂商，火腿肠就比较不干净，但这不是火腿肠本身出现的问题。
火腿肠作为一种加工食品，保证安全是至关重要的一环。
肉是很容易腐坏的食物，腐坏的生物学原因是细菌的生长。火腿肠含有细菌生长所需的各种养分，没有防腐处理的火腿肠是细菌的天堂。保护火腿肠不受细菌骚扰。
首先是要杜绝细菌种子混进来。
火腿肠的原料中不可避免地混杂了一些细菌，在高温加热的时候它们受到“严打”，绝大多数被清除了。市场上所谓的“低温火腿肠” ，通常只加热到七十几度，这样可以获得不一样的风味，但是“严打”力度不够，漏网的细菌就比较多一些。
在加热之后的包装运输和保存过程中，细菌也还有机会偷偷地潜入火腿肠中。
一旦环境适合，就开始繁衍生息。所以，人们对细菌的战斗不得不延续到吃进肚子之前。完好有效的包装可以防止外部的细菌侵入。而内部残存的细菌就只能控制它们的生长环境了。
前面说提取蛋白质的时候需要很高的盐浓度。
其实高盐环境也有助于遏制细菌生长。低温是另一种控制细菌生长的有效手段，尤其是那些灭菌不完全的“低温”产品——低温产品提供的风味必须以更严格的保存条件作为代价。
